Galassie Zip

Istruzioni per l'uso del software

Il software per analizzare le galassie si divide in tre programmi:

1. cluster: questo programma serve per convertire le immagini, in qualasiasi formato (eccetto jpg!) nel formato adatto all'analisi. Praticamente il programma individua le interfacce per diversi valori di grigio e scrive dei file con il suffisso _data la curvatura di tutte le interfacce individuate. Questi file _data saranno poi confrontati dal progamma
2. bcl: questo programma calcola l'entropia relativa tra coppie di immagini in formato _inter. I risultati dell'analisi sono registrati in una directory che contiene tanti file Contig.file_data, ciascuno riporta il valore misurato dell'entropia relativa con tutti i file confrontati.
3. results2html.pl: questo script perl serve per creare la pagina web che riassume i risultati dell'analisi.

Uso del software

cluster

Questo programma si lancia semplicemenete con

cluster nomefile

e genera vari file, tra cui il file nomefile_data che serve per le analisi successive. Per lanciarlo su file successivi consiglio di usare i seguenti comandi di (tc)shell:

foreach f (*gif) ./cluster $f end

(nel caso si tratti di file .gif)

Il programama utilizza le librerie ImageMagick http://www.imagemagick.org/

Le immagini da sottoporre al programma cluster devono essere prima trattate opportunamente: normalmente possono essere ridemensionate con il comando convert (fornito dal pacchetto ImageMagik ). Per esempio

convert -geometry 200x200 file.gif

Eventuali trasformazioni ulteriori possono essere aggiunte. Per esempio:

convert -equalize file.gif

• IMPORTANTE La dimensione dei file _data generata da cluster deve essere inferiore a 32k! quindi ridimensionare i file immagine adeguatamente.

bcl

Il programma e' fornito in due versioni diverse:

1. bcl
2. bcl_tmpl

• bcl

Il programma bcl serve per confrontare i file _data tutti con tutti. Si puo' lanciare con il comando

./bcl nomedir/

il nomedir e' il nome della directory dove sono presenti i file _data da analizzare.

Attenzione! importante! aggiungere il carattere slash "/" alla fine del nome della directory!

Il programma chiede interattivamente due numeri prima di procedere all'analisi. I valori da introdurre sono 32000 e 32000. Per automatizzare questa procedura si puo' lanciare il programma con

./bcl nomedir/ < input

(input e' un file di testo con i valori 32000 e 32000 in due righe distinte)

I risultati dell'analisi vengono registrati nella directory nomedir/risultati

• bcl_tmpl

Il programma bcl_tmpl serve per confrontare i file contenuti nella directory nomedir con un set di templates contenuti nella directory nomedir_tmpl. La sintassi, analogamente a bcl e':

./bcl_tmpl nomedir/ nomedir_tmpl/

oppure

./bcl_tmpl nomedir/ nomedir_tmpl/ < input

Come nel caso precedente i risultati sono registrati in nomedir/risultati

results2html.pl

Lo script results2html.pl serve per generare il file html per mostrare il risultato finale dell'analisi. La sintessi e':

./results2html.pl nomedir_risultati nomedir_immagini numero_classificati prefisso_output

dove:

• nomedir_risultati e' il nome della directory dove sono reggistrati i risultati dell'analisi eseguita da bcl o bcl_tmpl
• nomedir_immagini e' il nome della directory dove sono conservate le immagini originali (gif o altro formato)
• numero_classificati e' un numero (p.es. 5) che indica quanti file saranno mostrati per ogni classifica: cioe' dato che ogni file viene confrontato con una serie di file (o templates) e viene stilata una classifica ordinata per entropie relative crescenti, il numero_classificati determina quanti file di ogni classifica saranno considerati (con entropia crescente). A questo proposito bisgona fare attenzione perche' nel caso dell'analisi con bcl (tutti con tutti) il primo file in classifica e' sempre il file medesimo (auto-entropia).
• prefisso_output e' il prefisso che avranno i nomi dei file generati dallo script, ovvero:
  • prefisso_output.html conterra' il file html per visualizzare i risultati con un browser.
  • prefisso_output-graph.dat conterra' le coppie delle immagini associate che costituiscono il grafo (orientato) dei risultati.
  • prefisso_output-attrib-class.dat conterra' la lista degli accoppiamenti vincenti (cioe' ogni file con il primo classificato).

Software disponibile:

• galassiezip.tgz: Software per l'analisi delle galassie

• ImageMagick-6.2.0-8.tar.bz2: ImageMagik sources

• fedora-2.tgz: ImageMagik Fedora core 2

• mandrake-10.1.tgz: ImageMagik permandrake 10.1

• mandrake-cooker,tgz: ImageMagik permandrake cooker